Estas são algumas etapas simples para redirecionar a 
URL inicial ( http://www.sualoja.com.br/index.php?route=common/home ) 
para a página principal da sua loja ( http://www.sualoja.com.br)

Adicione o seguinte código ao seu arquivo .htaccess logo abaixo da linha RewriteBase


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RewriteCond %{QUERY_STRING} ^route=common/home$
RewriteCond %{REQUEST_METHOD} !^POST$
RewriteRule ^index\.php$ http://%{HTTP_HOST}? [R=301,L]

Observe que isso não alterará os links da sua loja. Apenas faz sumir o tão temido index.php?route=commom/home

Abraços

Mariones @bross

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